本科学院一般都选择用知网定稿查重。

主要看学校自己的规定，一般是都要查重的，不过不同的学校有不同的标准。

本科毕业论文查重是不包括参考文献的。

以知网为例，知网查重是不包括参考文献的，参考文献并不在知网查重范围内。可是知网查重并不能识别全部的参考文献，只有符合格式的参考文献才会被知网识别出来，这也就意味和只有参考文献的格式规范且正确的时候，知网才会将该部分参考文献排除出查重范畴，所以只要格式正确规范，那么本科毕业论文查重就不会包括参考文献。