本科学院一般都选择用学术定稿查重。

主要看学校自己的规定，一般是都要查重的，不过不同的学校有不同的标准。

本科毕业论文查重是不包括参考文献的。

以学术为例，学术查重是不包括参考文献的，参考文献并不在学术查重范围内。可是学术查重并不能识别全部的参考文献，只有符合格式的参考文献才会被学术识别出来，这也就意味和只有参考文献的格式规范且正确的时候，学术才会将该部分参考文献排除出查重范畴，所以只要格式正确规范，那么本科毕业论文查重就不会包括参考文献。