博士论文肯定是要查重的，但是他的参考文献是不需要查询的，因为参考文献不可能是自己编出来的，不可能是自己写的。

看学校要求，一般都是要查重的。一般情况下，提交查重时，参考文献这部分内容是附带一起提交的，但是大部分查重系统特别是zaojiance论文查重系统是可以有效识别出参考文献的，只要你的参考文献格式正确什么的，是不会被标红的。

本科毕业论文查重是不包括参考文献的。

本科毕业论文查重是不包括参考文献的。

影响不大。只要你手动输的参考文献格式是正确的,而且你不嫌麻烦,就可以手动输的,对查重也没什么影响。

论文：

论文是一个汉语词语，拼音是lùn wén，古典文学常见论文一词，谓交谈辞章或交流思想。当代，论文常用来指进行各个学术领域的研究和描述学术研究成果的文章，简称之为论文。它既是探讨问题进行学术研究的一种手段，又是描述学术研究成果进行学术交流的一种工具。它包括学年论文、毕业论文、学位论文、科技论文、成果论文等。