看你用什么系统来查重了，如果用知网查重cnkivip.net来检测的话建议不要删除参考文献，不过只要格式对的话知网查重也不会去查重参考文献的。

paperpp这些论文查重系统一般会检测正文、论文摘要、文章标题、目录、前言、成果、论文致谢，论文参考文献及其附录等信息的，可是有的院校只查毕业论文的文章正文部分，所以必须先弄清楚院校是怎样进行论文查重的。