会有一定的影响，pdf格式有一些内容可能会识别不了，还有可能会出现乱码的问题，如果学校是规定必须使用pdf的话，那你也只能pdf上传了，如果不要求，那还是建议Word格式吧，不容易出错，而且也能识别到你的引用格式，望采纳！

不影响，但是导师审核被发现可能叫你修改

对查重不影响，如果高校用的是学术系统，那么系统会自动识别文献，不会参与正文检测。也不会算重复率。